Spolupráce s nevládními neziskovými organizacemi (NNO)
Ministerstvo obrany ČR spolupracuje na poli boje s korupcí s národními, ale i mezinárodními organizacemi věnujícími se této problematice. Mezi české spolupracující organizace patří zejména Transparency International Česká republika, Oživení, o.s., NFPK a další.
Transparency International ČR je nevládní neziskovou organizací, jejímž posláním je mapovat stav korupce v ČR a svou činností aktivně přispívat k jejímu omezování. Již 15 let hlídá veřejný zájem a hájí efektivní a odpovědnou správu země. Za léta její existence zaměstnanci organizace poradili v právních otázkách tisícům klientů, ušetřili desítky miliard korun z veřejných prostředků a na podněty občanů vyřešili stovky případů. Dlouhodobě se věnuje konkrétním projektům v oblastech justice, financování politických stran či fondům EU.
Oživení, o. s. - občanské sdružení Oživení bylo založeno v roce 1997. Organizace se věnuje propagaci udržitelného rozvoje, potíráním systémové korupce a nehospodárného jednání ve veřejné správě a zvyšováním transparentnosti veřejného sektoru.
V rámci programu Bezkorupce se věnuje systematickému odhalování nekalého a nehospodárného jednání ve veřejné správě, svou pozornost pak nejčastěji obrací na oblasti s vysokým korupčním potenciálem jako jsou např. manipulace při zadávání a realizaci veřejných zakázek, nevýhodné prodeje a pronájmy veřejného majetku, neúčelné vynakládání veřejných prostředků v rámci přerozdělování dotací a grantů, odmítání poskytování informací ze strany povinných subjektů, monitorování případů střetu zájmů veřejných funkcionářů. V červnu 2015 také spustilo nový webový formulář pro oznamování korupce zaručující zachování anonymity a bezpečnost oznamovatele.
Nadační fond proti korupci (NFPK) - Základní vizí NFPK je stav, kdy bude společnost vnímat korupci jako zločin a podle toho také bude ke korupčníkům přistupovat. Stav, kdy korupce nebude standardem, ale naopak opovrženíhodnou výjimkou, a kdy budou mít takovýto pohled na věc nejen orgány výkonné či soudní moci, ale i občané.
NFPK podporuje občany, kteří se odmítají s korupcí smířit. Lidi s étosem, lidi schopné protestu proti korupčním praktikám. Formou takové podpory jsou finanční odměny whistleblowerům, tedy těm odvážným, kteří i s vědomím osobních rizik nenechali přistižené zloděje vesele krást.